В случае непринятия постоянных мер по удалению микроорганизмов из воды, бассейн вскоре приобретает весьма непривлекательный вид и станет являться рассадником микроорганизмов и бактерий.
Существуют различные способы удаления микроорганизмов, самый распространенный из них — дезинфекция воды в бассейне хлорсодержащими реагентами. Они окисляют все находящиеся в воде загрязнения и убивают вирусы, бактерии, споры и грибки. При этом хлор образует соединения с посторонними веществами, превращаясь при этом в «связанный» хлор. Избыточный «свободный» хлор остается в воде, чтобы проявить активность при повторном загрязнении. Содержание такого активного хлора замеряется регулярно и должно составлять 0,3 — 0,5 мг/л. Способность поглощения хлора (расход реагента) зависит от периодичности пользования бассейном, попадания сторонних веществ из окружающей среды и погодных условий.